盖亚奥特曼的故事发生在另一个时空中，这个时空既不同于昭和时代奥特曼的时空，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。具有两个在如何保卫地球不受破坏招来体破坏上思想相冲突的奥特曼。故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人最后的决战，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前的都要庞大。在故事中有多种类型的怪兽，除了来自宇宙的侵略者外，还有不少地球的怪兽以及一些未知受天气控制的机器人。